Estandarización de un protocolo de extracción de ADN para evaluar la microbiota intestinal en pacientes con Síndrome de Intestino Irritable y producción de probióticos para su tratamiento en CUCEI
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Fecha
2023-05
Autores
González-Becerra, Carolina
Título de la revista
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Editor
ITESO
Resumen
Descripción
El presente PAP Estandarización de un protocolo de extracción de ADN para evaluar la microbiota intestinal en pacientes con Síndrome de Intestino Irritable y producción de probióticos para su tratamiento tuvo como objetivo producir biomasa de cepas probióticas, y estandarizar una técnica de extracción de ADN bacteriano en biopsias de colon. Las cepas Lactobacillus fermentum y Lactobacillus plantarum se cultivaron en 1.5 L de caldo MRS adicionado con Nutraflora®. Se realizaron 10 fermentaciones, obteniendo un promedio de 12.22 y 13.29 g/L de biomasa, y una viabilidad de 2.41×1011 y 2.94×1011 UFC/g, respectivamente. Se liofilizó la biomasa, obteniendo un total de 46 g de cada cepa, y una viabilidad de 5.77×1010 y 5.31×1010 UFC/g, cantidades superiores a las necesarias para la formulación de cápsulas. Para la extracción de ADN se utilizaron muestras de biopsias de colon humano proporcionadas por el Antiguo Hospital Civil de Guadalajara. Se realizó una predigestión de tejido con proteinasa K y se siguió el método de extracción de ADN CTAB-fenolcloroformo. Con el protocolo original se obtuvo ADN de 6 muestras a una concentración de 252 ng/µL, con relación 260/280 de 1.88 y 260/230 de 2.393. Se propuso otro método eliminando un lavado con fenol-cloroformo; se obtuvo una concentración de 726 ng/µL, relación 260/280 de 1.89 y 260/230 de 2.363. Se validaron los protocolos mediante la amplificación de la región V3-V4 de la subunidad 16S, se concluyó que el segundo método produjo mayor concentración de ADN y cumple con los parámetros de calidad necesarios para su posterior secuenciación.
Palabras clave
Sustentabilidad y Tecnología, Apoyo a Centros de Investigación Externos